L'histoire des Jardins d'Harmonia commence à la fin de l'année 2006. Gamaliel Astruc, rentrant de voyage du Canada, décide de changer d'orientation professionnelle. De formation scientifique (en optique et lasers en industrie), une rencontre faite au Québec d'un scientifique agronome "Daniel Henry", travaillant sur des pratiques d'agro-ecologies, l'a poussé à se lancer dans le maraîchage bio. Alors que Gamaliel revient en France, il décide avec sa mère Cécile de monter une exploitation ensemble afin de cultiver et vendre des productions biologiques autour d'Avignonet Lauragais. Une nourriture saine, pleine de vitalité et faite en conscience est leur leitmotive.

Gamaliel entreprend de se former et passe un BPREA en 2008-2009 et ils commencent avec l'aide de Cécile à exploiter, en fermage, un terrain de 2,7 ha à côté d'Avignonet-Lauragais. Les premiers débouchés de l'exploitation sont la cantine d'Avignonet-Lauragais et un premier groupe de clients s'intéressant au système des paniers.

L'année suivante, Gamaliel obtient la certification AB pour son exploitation. Cécile prends en charge la production de plants pour l'exploitation à la ferme Petchabou. La clientèle s'élargit à un deuxième groupe de clients, puis finit par proposer un système de vente de paniers par abonnement comme dans les AMAP (Gamaliel n'adherera au réseau des AMAP qu'en 2018 cependant).

Courant 2012, Gamaliel a l'opportunité d'acheter le terrain qu'il exploite. Il devient propriétaire et responsable d'exploitation ou tout simplement "agriculteur bio".

A partir de 2014, Gamaliel commence les expérimentations de non travail du sol. Des expérimentations en agroforesterie sont aussi menées quelques années plus tard.

En 2016, une serre tunnel supplémentaire de 300 m² est installée. Puis, en 2018, une serre de 320 m² afin de produire des fruits bios (melons, pastèques, raisins de table, kiwis, agrumes...). Ce qui porte le total des serres sur l'exploitation à 3, pour une surface de 1820 m²) ainsi qu'une serre hangar de 200 m².